就在会稽城遭受长生军围攻之时，北方吴兴郡的局面也处在极为紧张时刻。
王恭率军南下，十余日前兵临阳羡。同谢玄和谢琰率领的万余兵马形成对峙之势。双方虽然没有交战，但是局面已经是千钧一发。
王恭派出兵马，于义兴郡四处筹措粮草物资，稳住军心。王恭知道他所率的是北府军旧部，和谢玄交战恐怕会生出许多意外，所以他采用了胁迫威胁等手段，令北府军诸将不敢擅动。
于此同时，在抵达义兴郡稳住阵脚之后，王恭开始了大规模的整军。
所谓的整军，无非只是做一件事，那便是将北府军旧将之中那些不和自己一条心的将领统统替换掉。他不惜从低级军官之中提拔任命领军将领，尽管他知道这些人不能胜任，但当此之时，也只能赶鸭子上架。
王恭知道，这些低级将领比那些高级将领要靠得住些。虽然他们也曾是北府军旧部，但是谢玄对他们的影响力不大。毕竟是低级军官，可能都没资格在谢玄面前说话，更谈不上什么崇拜和忠诚了。
但自己一旦提拔了他们，他们反而对自己更为忠诚些，因为自己给了他们一步登天的机会。
当然，弊端是一定有的。领军之将若是无能，战斗力会大大的削弱。而且将领不能服众的话，兵士们作战的能力和信心也大打折扣。那些低级将官之所以是低级将官，多少是能力上有所欠缺，或者是缺少火候的。
但相较于哗变的风险，王恭宁愿承受这样的弊端。普通士兵反而不用担心，他们是最底层，只会盲从。打起仗来，他们才不管对面的是不是曾经的北府军的统帅谢玄呢。只要在待遇上不亏待他们，他们便没有什么不满的情绪爆发。
所以，王恭在义兴郡四处搜罗粮草物资，将本地豪族洗劫一空，只为了能讨好兵士们，给他们大量的赏赐以笼络人心。
在收编了王廞在义兴郡的部分兵马之后，王恭的兵马数量不减反增，从南下时的三万人，扩充到了三万三千人。占领了义兴郡之后，又有了栖身立足之地，事情似乎一天天的变的好了起来。
他也不急于进攻谢玄，他明白，越是稳定住局势，对自己越是有利。当整军的余波过去，军队中北府军旧将的影响逐渐变淡，兵士们适应了新的将领领军之后，再出兵进攻也不迟。
反观谢玄谢琰一方，自拿下吴兴郡之后，收编了王廞兵马数千，兵马扩充到万余人。正欲北上前往京城解京城之围时，突然王恭率军南下进驻义兴郡，将谢玄等人堵在了吴兴。
没有谁比谢玄更了解北府军的战斗力了，面对如此情形，谢玄也不得不紧张起来。谢玄曾派人潜入义兴郡，探听北府军中的情形。谢玄不相信自己的那些旧将会同自己交战。
但得知王恭在军中大肆清洗北府军旧将，部分北府军旧将已经被剥夺领军之权，形同被软禁在军中没有了任何权力。而如何谦等一部分人选择效忠王恭，已经为王恭卖命的消息之后，谢玄意识到，自己不得不面对自己曾经统帅的这支兵马，并且要与之对垒了。
因为这件事，谢玄的情绪很不好。
谢琰宽慰兄长：人走茶凉，已经离开北府军两年了，不能怪那些人会另择靠山。况且许多人也不是自愿的，人在屋檐下不得不低头，他们这么做或许只是权宜之计，否则便要被王恭杀死，他们别无选择。
谢玄也明白这个道理，但是从情感上很难接受这个现实。好在刘牢之没有让他失望，阵前倒戈，率领一万多人屯军京口，保住了北府军的火种。而自己眼前面对的王恭的兵马，已经算不得是北府军了。
“瑗度，我难过的不是有些人投靠了王恭，我难过的是，四叔和我辛劳了多年才建立的北府军，如今成了这副样子。当年力克数十万秦军的北府军已经不再了。眼下，我们要面对他们，必要战而胜之。我亲手建立了它，现在又要亲手毁了它，这才是令我意难平之事啊。”
谢琰完全理解谢玄的感受，但除了安慰之外，他什么也做不了。
谢玄虽然心中难受，但是在准备作战的事情上却毫不懈怠。兵马的训练一刻不停，作战的会议一场接着一场。针对北府军作战的特点，针对己方兵马的优缺点，谢玄进行了大量的思索和谋划。 谢玄将这次战斗视为为自己正名的一战。他要告诉世人，北府军之所以是北府军，不是因为兵马如何，而是统领他们的人是谁。自己率领的兵马，就是北府军。自己会击败王恭的兵马，北府军会重新建立起来，自己会证明自己的能力，一雪当初北伐失败之辱，重新站立起来。